Применение параллельных эволюционных алгоритмов оптимизации в задачах структурной биоинформатики

Авторы

  • Сергей Владимирович Полуян ГБОУ ВО МО "Университет "Дубна"
  • Николай Михайлович Ершов ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова»

Ключевые слова:

глобальная оптимизация; эволюционные вычисления; роевая оптимизация; структурная биоинформатика

Аннотация

Настоящая работа посвящена исследованию области применения стохастических  эволюционных алгоритмов оптимизации в задачах структурной биоинформатики: предсказание трехмерной структуры пептида по аминокислотной последовательности и предсказание структуры комплекса пептид-белок. Продемонстрированы основные положения, сводящие рассматриваемые задачи к задаче непрерывной глобальной оптимизации, и предложен способ использования эволюционных алгоритмов. Описана схема применения параллельных вычислений и проведена параллельная реализация алгоритмов. Представлены результаты разнообразных численных экспериментов. Показаны перспективы использования эволюционных алгоритмов в актуальных задачах структурной биоинформатики.

Биографии авторов

Сергей Владимирович Полуян, ГБОУ ВО МО "Университет "Дубна"

асп. каф. системного анализа и управления «Университета «Дубна». Маг. в обл. прикл. мат. и информатики

Николай Михайлович Ершов, ФГБОУ ВО «Московский государственный университет имени М. В. Ломоносова»

ст. науч. сотр. факультета ВМК МГУ им. М.В. Ломоносова, канд. физ.-мат. наук по спец. мат. моделирование, числ. методы и комплексы программ (ВМК МГУ, 1995). Иссл. в обл. эволюционных и роевых методов оптимизации

Загрузки

Опубликован

2017-15-12

Выпуск

Том 21 № 4 (78) (2017): Вестник УГАТУ

Раздел

ИНФОРМАТИКА, ВЫЧИСЛИТЕЛЬНАЯ ТЕХНИКА И УПРАВЛЕНИЕ