Сортировка массивов коротких последовательностей на GPU для метода сортировки взаимодействий в молекулярной динамике

Аннотация

Необходимость сортировки большого числа коротких массивов с числом элементов в диапазоне 30 ? n ? 120 возникает в молекулярной динамике в методе сортировки взаимодействий. Представлена модификация алгоритма ранговой сортировки для решения данной задачи, реализованная для платформы GP GPU (Tesla C2050). Показано, что предложенная модификация алгоритма в данном диапазоне числа элементов превосходит по эффективности общедоступные для данной платформы библиотечные алгоритмы сортировок.