Вычисление локальных тензоров деформации на основе относительного движения соседних частиц сольватированного 5-мерного пептида

Аннотация

В настоящей научно-исследовательской работе был рассмотрен пептид, а именно было рассмотрено соотношение точек объемной деформации от деформации сдвига и исследована зависимость выходного тензора деформации от выходного тензора растяжения. В данной работебыла смоделирована деформация в 2000 шагов пептида с вычислением объемной деформацииот деформации сдвига и исследовано вычисление локальных тензоров. Более углубленно рассматривался 1466 за моделированный шаг, так как именно при исследовании на этом за моделированном шаге проявили частицы и частицы «соседи» пептида максимальный пик активности. В статье рассматривались два программных пакета. Свободно распространяемый пакетLAMMPS для выполнения на мультипроцессорных вычислительных системах моделирование систем, реализующий в своей основе метод молекулярной динамики, и в котором былосформировано и реализовано поведение частиц сольватированного 5-мерного пептида. И свободно распространяемый, второй программный пакет OVITO, который применялся для визуализации и распознавания деформации пептида. А именно пакет OVITO позволил распознатьи рассчитать в моделируемой атомной системе экспериментальные данные, которые отраженыв данной научной работе.